แม้ว่า Apple Pencil จะได้รับการตอบรับที่ดีอย่างมากกับประสิทธิภาพการใช้งานร่วมกับ iPad Pro อย่างไรก็ตาม การจัดเก็บปากกาสไตลัสดังกล่าวกลับเป็นปัญหาสำคัญของผู้ใช้งานเนื่องจากไม่มีที่จัดเก็บเป็นสัดส่วน ซึ่งล่าสุดมีรายงานว่า Apple เองก็เพิ่งจดสิทธิบัตรใหม่เพื่อแก้ไขปัญหานี้แล้ว
สิทธิบัตรใหม่แสดงให้เห็นว่า Apple จะออกแบบซองเก็บปากกา Apple Pencil ซึ่งจะสามารถม้วนพันรอบตัวปากกา และแนบติดกับตัว Smart Cover ด้วย รวมทั้งยังมีข้อความที่ระบุว่าตัวปากกาจะสามารถใช้งานได้ทั้งบนไอแพดและไอโฟน ตรงกับบทให้สัมภาษณ์ของ ทิม คุก ซีอีโอ Apple เมื่อเร็วๆ นี้ ขณะเดียวกันก็เป็นที่คาดกันว่าปลายปีนี้จะได้เห็น Apple Pencil รุ่นที่ 2 เปิดตัวค่อนข้างแน่ และจะรองรับการใช้งานไอแพดรุ่นอื่นๆ อีกด้วย